Según el Plan Director del Sistema Nacional de Áreas Naturales Protegidas del Perú SINANPE, las Zonas de Amortiguamiento Z. A. son los territorios adyacentes de las Áreas Naturales Protegidas ANP de SINANPE que por su naturaleza y ubicación requieren un tratamiento especial, que garantice la conservación del ANP. El Plan Maestro de cada ANP definirá la extensión que corresponde a su Z. A.

Esta definición también es válida para las Areas de Conservación Privadas como Huiquilla, cuyas zonas adyacentes presentan lamentablemente un panorama poco alentador. Algunos años atrás, estos territorios, con ecorregiones de yunga y jalca similares a los de Huiquilla, guardaban una gran diversidad biológica. Actualmente se encuentran fuertemente impactados por la acción del hombre, principalmente a causa de la tala indiscriminada y la expansión de la frontera agrícola.

Hacia el norte se encuentran la comunidad campesina de Colcamar y algunos predios privados. Son zonas de jalca donde la quema de pajonales es una práctica muy común. Por suerte la cadena montañosa de Santa Clara sirve de barrera natural entre estos predios y el ACP Huiquilla.

Al sur, casi pegada y frente al ACP se encuentra la comunidad de Choctamal cuya población ha aumentado considerablemente por la fuerte migración ocurrida en los últimos años. Sus actividades económicas basadas en la agricultura migratoria y la ganadería expansiva han provocado que sus bosques de cabecera casi hayan desaparecido, poniendo en serio peligro la futura provisión de agua para su propio consumo. Similar situación presentan las otras dos comunidades cercanas de Longuita y María que están en la ruta a la fortaleza de Kuelap.

Al este y oeste se encuentran predios privados que aún conservan cierta cantidad de bosques de cabecera un poco menos impactados, pero de no adoptar medidas que atenúen esta tendencia de degradación terminarán desapareciendo tarde o temprano, algo que con el tiempo puede convertirse en una seria amenaza para la conservación del ACP Huiquilla.

Una forma de revertir esta tendencia es trabajar con estas comunidades en el desarrollo de programas que incluyan actividades de educación ambiental y de capacitación en el desarrollo de actividades económicas alternativas amigables con el medio ambiente, como el ecoturismo por ejemplo. Esta zona cuenta con un gran potencial para el desarrollo de esta actividad, pues puede ofrecer al visitante bellos paisajes, naturaleza y cultura viva, además de muchos restos arqueológicos de la cultura Chachapoya diseminados en toda la región.